Генерал Конфедерације Тхомас "Стоневалл" Јацксон заробио је Харперс Ферри, Виргинију (данашња Западна Вирџинија), и око 12.000 војника Уније док се војска генерала Роберта Е. Лееја креће сјеверније у Мариланд.
Савезни гарнизон у Харперс Ферриу био је рањив на конфедерацијски напад након Леејеве инвазије на Мариланд у септембру. Стратешки град на реци Потомац био је одсечен од остатка војске Уније. Генерал Георге Б. МцЦлеллан, заповједник војске Потомака, послао је генерала Уније Дикона Милеса, заповједника гарнизона Харперс Ферри, да по сваку цијену одржи град. Мекелан је обећао помоћ, али морао је да се позабави остатком војске Конфедерације.
Јацксон је бацио своју артиљерију на место и почео да гранатира град 14. септембра. Јенкији су имали мању количину муниције, а Милес је пружио мали отпор пре него што је пристао да се преда 15. септембра ујутро, док је Милесова помоћ, генерал Јулиус Вхите, одјурила у Јацксон да преговара о условима предаје, један топ Конфедерације наставио је да пуца. Мајлс је смртно рањен последњим хицем испаљеним у Харперс Ферри.
Ианкеес су предали 73 комада артиљерије, 13.000 пушака и око 12.000 људи на Харперс Ферриу. Била је то највећа појединачна предаја рата од Уније.
Пад Харперса Феррија увјерио је Лее да промијени своје планове. Након што је 14. септембра претрпео велике губитке у Мериленду, у битци на Јужној планини, североисточно од Харперс Ферри-а, Лее је имао намеру да окупи своје расуте трупе и врати се у Вирџинију. Сада, осигуравајући Харперс Ферри, позвао је Јацксона да се придружи остатку својих снага око Схарпсбурга у Мериленду. Два дана касније, 17. септембра, Лее и МцЦлеллан водили су битку код Антиетама.
