1. фебруара 1979. ајатолах Хомеини тријумф се враћа у Иран након 15 година прогонства. Шах и његова породица напустили су земљу две недеље пре, а ирански револуционарни ратоборни били су спремни да успоставе фундаменталистичку исламску владу под Хомеинијевим вођством.
Рохован на пријелазу вијека, Рухоллах Кхомеини био је син исламског вјерског учењака и у младости је памтио Кур'ан. Био је шиитска грана ислама коју практикује већина Иранаца и убрзо се посветио формалном проучавању шиитског ислама у граду Ком. Побожан свештеник, непрестано се уздизао у неформалној шиитској хијерархији и привлачио многе ученике.
Британске и совјетске трупе су 1941. окупирале Иран и поставиле Мохамада Реза Пахлавија као другог модерног иранског шаха. Нови шах имао је блиске везе са Западом, а 1953. британски и амерички обавештајни агенти помогли су му да свргне популарног политичког ривала. Мохаммад Реза прихватио је многе западне идеје и 1963. године покренуо своју „Белу револуцију“, широки владин програм који је захтевао смањење верских имања у име редистрибуције земљишта, једнаких права жена и других модерних реформи.
Кхомеини, сада познат по високом шиитском наслову „аиатоллах“, био је први верски вођа који је отворено осудио шах-ов програм западњаштва. У ватреним пошиљкама из свог Фазиие сјеменишта у Кому, Кхомеини је позвао на свргавање шаха и успостављање Исламске државе. 1963. Мохаммад Реза га је затворио, што је довело до нереда, а 4. новембра 1964, протјерали су га из Ирана.
Кхомеини се настанио у Ан Најафу, шиитском светом граду преко границе у Ираку, и послао је кући снимке својих проповедаоница које су наставиле подстићи његове следбенике. Прекидајући предност пред шиитском традицијом која је обесхрабривала клерикално учешће у влади, позвао је шиитске вође да управљају Ираном.
1970-их Мохаммад Реза је додатно разљутио исламске фундаменталисте у Ирану одржавши екстравагантно славље 2.500 година пре-исламске перзијске монархије и заменио исламски календар перзијским календаром. Како је незадовољство расло, шах је постајао све репресивнији, а подршка за Хомеинија расла је. 1978. у главним иранским градовима избиле су масовне анти-шах демонстрације. Незадовољни припадници нижих и средњих класа придружили су се радикалним ученицима, а Кхомеини је позвао на моментално свргавање шаха. У децембру се војска побунила, а 16. јануара 1979, шах је побегао.
Хомеини је у Техеран тријумфовао 1. фебруара 1979. године и проглашен је вођом иранске револуције. С високим религијским жаром, учврстио је своју власт и кренуо у претворбу Ирана у верску државу. Дана 4. новембра 1979, 15. годишњице његовог егзила, студенти су упали у америчку амбасаду у Техерану и узели особље у таоце. Уз Кхомеинијево одобрење, радикали су захтевали повратак шаха у Иран и држали 52 Американца као таоца током 444 дана. Шах је умро у Египту од рака у јулу 1980. године.
У децембру 1979. године усвојен је нови ирански устав, назвавши Хомеинија као иранског политичког и верског вођу доживотно. Под његовом влашћу, иранским женама ускраћивана су једнака права и од њих се захтевало да носе вео, забрањена је западна култура, а враћени су традиционални исламски закон и његове често бруталне казне. У потискивању противљења, Хомеини се показао једнако безобзирним као и шах, а хиљаде политичких дисидената су погубљене током његове деценије владавине.
Ирак је 1980. године извршио инвазију на иранску провинцију Кхузестан. Након почетног напредовања, ирачки преступ је одбијен. Ирац се 1982. добровољно повукао и тражио мировни споразум, али Хомеини је обновио борбе. Уследили су застоји и погибије хиљада младих иранских регрута у Ираку. 1988. Кхомеини је коначно пристао на прекид ватре посредованог САД-ом.
Након што је ајатолах Хомеини умро 3. јуна 1989. године, његовој сахрани је присуствовало више од два милиона напаљених жалости. Постепена демократизација почела је у Ирану почетком деведесетих, а кулминирала је слободним изборима 1997. године на којима је за председника изабран умерени реформиста Мохаммед Кхатами.
