На данашњи дан 1994. године насиље подстиче покретање онога што би постало најгора епизода геноцида од Другог светског рата: масакр од око 500.000 до милион недужних цивилних тутсија и умерених хутуса. Након првог таласа масакра, рунданске снаге успевају да обесхрабре међународну интервенцију убиством 10 белгијских мировних официра. Тутсис, мањинска група која је чинила око 10 процената становништва Руанде, није добила помоћ међународне заједнице, мада су Уједињене нације касније признале да би само 5.000 војника распоређених на самом почетку зауставило велепродајну клање.
Непосредни коријени геноцида из 1994. године датирају још од раних 1990-их, када је предсједник Јувенал Хабиаримана, Хуту, почео користити анти-Тутсијеву реторику како би учврстио своју моћ међу Хутусима. Почев од октобра 1990. године, било је неколико масакра на стотине Тутсија. Иако су две етничке групе биле врло сличне, делиле исти језик и културу вековима, закон је захтевао регистрацију на основу етничке припадности. Влада и војска почели су окупљати Интерахамве (што значи "они који заједно нападају") и припремили се за елиминацију Тутсија, наоружавањем Хутуса пушкама и мачетама. У јануару 1994. снаге Уједињених нација у Руанди упозориле су на то да ће доћи до већих покоља.
Председник Хабиаримана је 6. априла 1994. године убијен када је оборен његов авион. Није познато да ли је напад извео Патриотски фронт Руанде (РПФ), војна организација Тутси, стационирана ван земље у то време, или екстремисти Хуту који покушавају да подстакну масовно убиство. У сваком случају, екстремисти Хуту-а у војсци, на челу са пуковником Тхеонестеом Багосором, одмах су кренули у акцију, убивши Тутсис-а и умереног Хутуса-а, у року од неколико сати од пада.
Белгијски мировни трупи убијени су сутрадан, што је кључни фактор у повлачењу америчких снага из Руанде. Убрзо након тога, радио станице у Руанди емитовале су апеле већини Хуту-а да побију све Тутсис-ове земље. Војска и национална полиција режирали су покољ, понекад претећи цивилима Хуту-а, када убеђивање није функционисало. Хиљаде недужних људи су их комшије махнуле до смрти. Упркос стравичним злочинима, међународна заједница, укључујући Сједињене Државе, оклевала је да предузме било какву акцију. Они су геноцид погрешно приписали хаосу усред племенског рата. Предсједник Билл Цлинтон касније је назвао неуспјех Америке да учини било шта како би зауставио геноцид „највећим жаљењем“ његове администрације.
Препуштено је РПФ-у, који је водио Пол Кагаме, да започне коначно успешну војну кампању за контролу Руанде. До лета, РПФ је победио Хуту-ове снаге и протерао их из земље и у неколико суседних држава. Међутим, до тада, процењено је да је 75 одсто Тутсијаса који живе у Руанди убијено.
